几个城池攻防战一过，大半年时间过去了，虽然越陈只剩下一个安远城还在“坚持抗战”其他州府城池已经闻风而降，但是大规模的“游击战”却如火如荼地开始了。很多城池虽然降了大明，但是暗地里却心向越陈，这些心有九窍灵通的越陈官员都认为大明这次对越陈的攻略跟以前一样，只是给越陈一次严惩，事后还不是要发扬天朝的“传统风格”传诏天下，宣扬一番上国天朝的威严，说说越陈国的“薄德”最后还不是要将越陈数千里江让还给陈氏王族。
于是这帮越陈地方官员一边升起大明的旗帜，一边翻出陈晦的勤王诏书，心思翻来覆去一番，终于想“通窍”了。不少城池今日还挂着大明的旗帜，明日摇身一变，又重新挂上越陈的旗帜，恢复陈氏王族的荣光，等到蓝玉遣大军一到，他们马上又痛心疾首，幡然醒悟，重投入到天朝的怀抱。
等到来复几次，连属下的将领都有些不耐烦了，蓝玉依然不动声色。任由这些越陈地方官员复叛复降。直到明历四只雨季入冬，南掌国雄心勃勃的国王法昂王范甘刚合并万象”护、占巴塞等小国，建立统一的南掌国家，自认为自己手里有一支强大的军队，又觉得与越陈国是唇亡齿寒，毕竟南掌国与越陈国一样，北边都与天朝上国接境，面临看来自北方的强大压力。不过与越陈不一样的是，南掌国的北边主要还是北元的残余。蒙古粱王，而国王范氏一族曾经受过元廷的册封，成为元廷的老告总管，所以对北元还有一定的“情义”在自身强大起来之后，又受到粱王的唆使和尖持，范凡决心与大明对抗到底，于是对正在经受大明“侵略”的越陈持支持态度。
明历四只十二月，范凡遣两万兵士，一千头战象杀入越陈的西部忠诚州。蓝玉闻报后连忙收缩兵力。命制蓬峨围住安远城，自与汤和率领两万多日本雇佣兵和第八海军陆战师，列阵迎战。
对付南掌军还是老一套，先以日本雇佣兵打头阵，引南掌兵步步前进。队列分散，然后集中火炮团进行轰击，而三个步兵团从左右侧翼逼近。南掌以战象数主的军队和越陈军队一样，被火炮和火枪的轰击和齐射声打晕了头。尤其是那些没有见过世面的战象，慌成了一团，不少发了狂地向后跑，将己方的阵线冲得七零八落。
不到两个多时辰，南掌军大败。退回国内。
南掌国败了还没什么要紧，因为此役还没有伤到其国家和军队的根本。还有一战之力，但是关键是领军的正是有机会继承王位的二王子范常。他领着败军一回来，南掌朝中还没来得及讨论如何继续对越陈国进行援助就陷入了一场内争之中。也有机会继位但是一直被二王子压制的三王子范况马上联络一帮近臣对二王子范常的败师辱国进行抨击，而范常一系也不甘示弱，还以颜色。而范凡因为年老体迈，眼看着就要不行了，正对继承人一事略有动摇。遇上这场突如其来的变故，这位老南掌王有些失去掌控力了，加上其他王子参与和别有用心之人煽风点火。内宫、朝臣、将领各方势力纷纷被卷入这场声势浩大的夺储之争。由于双方实力相当，加上范凡对历来受宠的范常开始失去信心，于是彼此都斗得不亦乐乎，一时半会没有结果，于是便放下勒令对越陈的军事支援，改为边境驻军接应等“精神支持”了。
但是受南掌国此前大举援助的“鼓舞”很多越陈地方势力再次举起了“勤王义旗”而且声势浩大。决心更胜此前。
此时的蓝玉终于露出真面目。他率领主力大草开始重点清剿所有参与“叛乱”的越陈官吏、贵族、豪强一律“灭户”所有参与其中的越陈兵士和青壮三抽一，三个中抽出一个进行斩杀。一时间越陈各地血流成河，西道河和诸支流赤色千里。
经过两个多月的清剿，大约超过十五万越陈男人不分贵贱，一律死于蓝玉的军令之下。受蓝玉这种残暴手段压制，越陈的抵抗势力立即蛰伏下去，转入地下活动，不少地方势力在血淋淋的教下终于又认清的形势。
不过蓝玉这次没有放过他们，所有投降的越陈贵族、地方世家豪强和官吏全部被夺去家财，一家老小被流放去了大明正在极力开垦的台湾岛去当苦力去了。
明历五年的雨季开始到来，越陈的抵抗开始由官方转“民间”不少民间心孤始冒头小率领自发组织的民军开始对抗明军六这时燕了新的战略战术小他率领主力与占城军队换防，大明军队执行继续包围安远城的任务。占城军开始在时而连绵不绝，时而断断续续的雨中对越陈义军开始清剿。
不过蓝玉组织的清剿活动非常有组织性和效率性，他按照河流、道路将越陈地区分成几个，区，占城军队占据河道要路的转运要点，然后按区进行清剿，谁完不成任务就找制蓬峨追究相应占城将领的责任。
占城军队按照蓝玉的指示。开始分区清剿，他们一般是多路并进，中心开花。先挤压重点区域越陈义军的活动范围。然后四面围剿，直掏老窝。对于“匪患”非常严重的地区，则称之为“清剿加强区”占城各路人马一般执行三光政策，该区的百姓不是被按照此前达成的协议送到占城国了。就是被迁移到“普通清剿区”集中居住。
由于占城军队执行了非常严酷的政策，各“清剿加强区”的义军举步艰难，他们赖以生存的百姓纷纷被迁走，地方化为焦土一片，而四处又都是占城的优势兵力。于是不少越陈军队相继被占城军剿灭，只有少部分转战它区和逃入南掌国。
明历五年下半年，越陈国的形势逐渐趋向于有利大明，蓝玉继而开始第二阶段的清剿活动。蓝玉在占城军队的基础上开始招募越陈“仆从军”这些仆从军一般是从比较听话的“普通清剿区”招募，有家有口，实行严酷的连坐法。其中一人犯事。不仅同伍同队兵士受严惩，家人也会受到牵连。面临被灭户。
在组建了两万多仆从军，减缓了占城军的压力之后。蓝玉开始在越陈清点人口，共计府州四十二、县一百五、户二百六十万，比越陈官籍中少了四分之一。被清点出来的越陈百姓全部被集中在城镇和指定的村落居住，出入严格检查。下地耕种有仆从军和占城军“保护”严禁百姓与义军联系；秋收的粮食大部分被蓝玉下令集中保管，只留下仅够越陈百姓十天的用粮，此后每十天再按户籍发放一次，防止百姓用粮食接济义军；时不时地派出清剿队伍，对于没有登记在册的耕种田地，不管是百姓私自耕种的还是义军悄悄耕种的，一律化为焦土。坚决不让义军收获一粒粮食；非主动投诚的被俘越陈义军全部处死，与义军有牵连的百姓家男丁全部处死。
系列残酷的清剿和管理，越陈的义军终于开始熄灭，没有人能够在这种血腥的制度下煎熬多久。意志坚强，一心为国的越陈毕竟是少数，加上越陈朝的官府、贵族、豪强体利已经被摧毁，在部分带头人被杀之后，一般的老百姓也不愿意冒着被灭户的危险加入义军了，到明历六年下半年，越陈境内已经很少看到义军的影子，而蓝玉也获得了一个“灭户将军”的称号。
但是大明和占城也付出了沉重的代价。日本三万雇佣减员超过一半，这其中大部分都是因为疾病的非战斗减员，使得枢密院只好在日本又紧急招募了五千人，保证一定的军事实力；第八海军陆战师减员三分之一，只好从第六、七海军陆战师中抽调人手保证满员编制；制蓬峨的四万占城军伤亡超过了两万多，只得一而再再而三地从国内抽兵，几乎耗空了主力。
“将军，城内越陈国主遣使出城，愿意无条件投降。”二月二十一日，当蓝玉又一次眺望安远城时，副将跑来禀报道。
二月二十二日，陈脾奉国鱼，率文武百官、王族等四百余人及城中军民三万余人出城请降。看着这些皮包骨，目光呆痴、步履艰难的越陈人，不知道真相的旁人可能以为这些都是从饿鬼道逃出的。
看到陈脾哭丧着脸，摇摇晃晃地跪在骑着马，趾高气昂的灭户将军跟前，可怜巴巴地祈求大明的原谅，奢望保住一条小命，制蓬峨不由长长地舒了一口气，这该死的战争终于结束了。
制蓬峨也没有想到这场战争居然打了这么久，而且打得这么惨烈。据他所知道的小越陈国内百姓估计不见了一半多，而且生存下来的多是妇孺老弱，就算按照战前的协定，这些人口一半归占城，也不见得是什么好事，反而可能是一种负担。占城这三年多大半的人力物力投入到了这个无底洞。越陈被打灭了，占城却累得七痨八伤，最关键的是，在清剿活动当主力军的占城军队算是跟越陈百姓结下了死仇，以后想化解估计也得花数百年的时间。
不值得，太不值的了。制蓬峨在心中暗暗盘算了一番。最后总结道。
可是大明第八海军陆战师和两万日本雇佣兵来说，这却是一件天大好事，而这一大好消息也将迅速传回国内去。