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后世的某些人，对于中国文明的起源，一直抱有动机不纯的质疑。认为中国古文明并不是原产于华夏，而是由其他三大古文明的后裔迁移至此，不是独创，而是继承。
中国古文明的起源，就中国人而言，可以很明确的追寻到三皇五帝。然后是夏商周一路继承，数千年以降，直到后世。被奉为中国最早史书的《尚书》，可以将中国的历史记载，追溯到尧舜时期。虽然，后世流传的《尚书》也有真假篇目之辩，但是，即便是伪造的《尚书》篇目，其创作时期，也在魏晋南北朝时期。此时，还有许多后世已经失传了的资料，作为仿造《尚书》的参考。所以，虽然有的篇目是假，但不能认定史实就是假。
然而，后世的考古学家并不相信单纯的文字记载。考古最注重的，就是实证。到后世，许多国外甚至国内的考古学家和人类学家，都在质疑中国夏商周的历史，是否真实存在。在欧美各学派中，有许多学者认为中国“东周之前无历史”。因此将中国的文明史开端定在了东周。直接将中华文明传承的时间减掉一半。
而在此谬论下，又有许多心怀叵测的学者提出中国文明起源于西方。如果这种学说成立，中华数千年文明传承，和中国人对于自己传统文化的坚持，便成了一个笑话。
不过，真的假不了，假的真不了。且不说中国的文字语言与传统习惯与西方文明截然不同，只是后世，包括从民国开始不断出土的文物，就可以将中国文明始于东周，和中国文明始于西方的两种谬论给击倒。
经过仪器对出土文物的检验后，完全可以判定商朝的甲骨文和青铜器，以及周朝的各种遗物是真。司马迁在《史记》中，对于商代谱系的记载是真。唯一的遗憾是，夏朝的大规模、确定的遗迹。始终没有一个明确的说法与确凿无疑的物证。
而即便是文字记载，在夏朝这个时期，也模糊了起来。并非是没有传说和记载，而是这些记载总是会和原始的神话与巫术纠缠。以至于难以作为确信无疑的历史记载存在。
在这种情况下，后世的中国人没法验证夏朝的存在确定与否，便只能退而求其次，寻找中国大地上，商朝以前的文明遗迹。只要有了这些文明遗迹存在。便可以逐步寻找夏朝存在的线索。总有一天，能找到史书中中国文明赫赫有名的第一个王朝的遗物。
中国古人也有一个非常良好的习惯，那就是——殉葬。许多精美的器物，在主人死亡后，随着主人被掩埋在地下。因此，后世出土的文物虽然不多，但也从不间断。仰韶文化、红山文化陆续出土，将中国文明的起始时间大幅度提前。
虽然，按照西方考古学的标准，一个文明的开始。需要文字、城市、青铜器、神庙和祭坛四项标准。但是，以和东方文明完全不同的西方文明的细节，强行套用到东方文明的头上，本身就是不合理的。中国文明，在新石器时代结束后，并没有直接进入青铜器时代。
而是拐了一个弯，将新石器时代延伸出一个时间不短的玉器时代。玉的含义，在中国向来极广。除了和田玉之外，但凡是质地坚硬，颜色漂亮的。都可以被称作玉。在中国的玉器时代，除了青铜器没有大规模出现外，文字、城市、神庙和祭坛都已经出现。而在这个时代，玉器的应用。在一定程度上可以替代青铜器。应该视为文明的开始。
商朝的甲骨文已经可以算是一套成熟的文字。而以文字发展的规律来看，甲骨文之前，必然还有一个漫长的文字积累和统一的过程。虽然这个过程中的证物目前尚不确定存在，但也只是没发现而已。甲骨文不可能凭空产生。而这一套尚未发现的文字，便可以推测是玉器时代的文字。
而城市说白了，不过是个大型的、功能已经分化的村庄而已。文明初始时代，只要有一个领袖出现，并且这个领袖希望有一个兼具军事功能与标致身份功能的建筑出现，那么城市便出现了。所以，城市的存在，总是与人的社会关系的发展有关的。并不是孤立存在。中国人在那个年代的城市遗迹，没有被发现，并不等于不存在。
而中国的领袖和帝王的存在，却已经可以从遗传学上进行考证。中国最早的帝王，从Y染色体构建的父系遗传学谱系上看，应该出现在新石器时代中后期。在这个时代，有三个男性有特别多的儿子，而这些儿子，又有了特别多的孙子，然后这些子孙又在两三代内繁衍出成千上万的人口。
这样的谱系，在汉民族的血统中，特别明显。到后世，中国近半的男性，是这三个男子的直系后代。而根据遗传学规律计算，这三个男性出现的时间，分别是六千八百年前，六千五百年前，五千四百年前。这三个年代，又恰好对应考古文化中，高庙文化、仰韶文化和红山文化的鼎盛时期。
而中国文化起源中所说的三皇五帝，和这三个男性怕是怎么也逃脱不了关系。
由此，基本可以认定中国文化中三皇五帝的存在和中华文明的起源。只是当年的物证难找而已。
而新石器时代之前的旧石器时代的人类遗迹，就更加难找了。周口店的北京猿人遗迹，便是其中难得的一支。虽然人类祖先起源于非洲这件事情基本上已成定论。但是，人类文明的起源哪家强，还是考古学和人类学学者争论的要点。
文明不可能凭空诞生，新石器时代前，旧石器时代的人类遗迹，便非常重要。在后世，几乎成为一个文明的骄傲所在。同时也是研究人类起源和发展的重要依据。