驻扎在玄武门的云麾将军敬君弘掌管着宿卫军。他挺身而起，准备出战。有人想劝阻他，可是他不听，与中郎将吕世衡大声呼喊着向敌阵冲去，结果全部战死。把守玄武门的士兵与薛万彻等人奋力交战，持续了很长时间，薛万彻擂鼓呐喊，准备进攻秦王府，将士们大为恐惧。这时，尉迟敬德提着建成和元吉的首级过来，让薛万彻等人看，说，“太子和齐王的首级在此，他们已被斩首，你们还不快快投降。”东宫和齐王府的人见到那两个首级，当即人心涣散，迅速溃散，薛万彻与骑兵数十人则逃入终南山中。冯立杀死敬君弘后，也丢掉兵器，落荒而逃。

当时，高祖正在宫内的海池里划船，对兵变的事并不知晓。李世民让尉迟敬德入宫担任警卫。尉迟敬德身披铠甲，手握长予，径直地上到了高祖所在的船上。高祖很是惊讶，问道，“爱卿到此做什么？”尉迟敬德答道：“太子和齐王作乱，秦王起兵已将他们诛杀。秦王殿下担心惊动陛下，故派臣担任警卫。”高祖大惊，对裴寂等人说，“如之奈何？”裴寂等人都是太子的支持者，发生了这种事，自然是无话可说。萧瑀和陈叔达则说，“秦王功盖宇宙，天下归心，陛下如果能够决定立他为太子，将国家大事委托于他，就不会再生事端了。”虽然李世民并没有直接逼宫，但形势已经确定，不让位就会有生命危险。高祖无奈，只得答应。

因为宿卫军和秦王府的兵马还在与东宫和齐王府的亲信交战，尉迟敬德请求高祖颁布亲笔敕令，命令各军一律接受秦王的处置，高祖听从了他的建议。天策府司马宇文士上到阁门宣布敕令，双方官兵停止了厮杀。高祖又让黄门侍郎裴寂前往东宫开导原李建成麾下的诸将士，将士们便都弃职而散。高祖召世民前来，抚慰他说，“近日以来，我几乎老是被谣言所迷惑。”李世民听着这话，便跪了下来，伏在高祖的胸前，嚎啕大哭了很久。

李建成的五个儿子和李元吉的五个儿子全部被残杀，有的孩子还非常地幼小，并把他们的名字从宗室的名册上删除。据说李世民害怕两位兄弟的鬼魂前来索命，就派尉迟敬德和秦琼两人担任门前守卫，直到他们年事已高，无法继续担任，就把他们两人的画像挂在门口。后世的人们也就把他们两人当成了门神。

原东宫和齐王府的女眷都被充入李世民的后宫，其中较著名的是原来李元吉的妻子杨氏，在李元吉死后被李世民接纳为妾，但没有正式封号，宫中呼为“巢剌王妃”，是长孙皇后去世以后唯一一个生下子女的嫔妃。秦王府诸将要将李建成和李元吉的一百多名亲信全部诛杀，并将他们的家产没收官府，尉迟敬德再三争辩说这不利于安定，不同意诛杀。于是诸将领停止了追杀。

当天，高祖颁布诏书赦天下，叛逆的罪名只加给李建成和李元吉二人，对其余的党羽，一概不加追究。国家的各项事务，都任凭秦王处置。7月5日，高祖立秦王李世民为皇太子，又颁布诏书：“从今天起，军队和国家的各项事务，无论大小，全部委托太子处理和决定，然后再报告给朕。”

当年的9月3日，高祖颁布制书，将皇帝位传给太子李世民，自为太上皇，仍居于大内皇宫正殿的太极殿。李世民坚决推辞，高祖不许。9月4日，太子李世民在东宫显德殿即皇帝位，是为唐太宗，并大赦天下，从此开始了他辉煌的皇帝生涯，即位第二年正月初一乙酉日（627年1月23日）改元贞观。太宗在位期间文治昭昭，武功赫赫，史称“贞观之治”。