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在解决了内阁和六部的问题，接下来就是精简各地官员，明确划分责任，现在的明朝官员太多了，一个省就有总督，巡抚，都指挥使司、布政使司、按察使司等等一大顿乱七八糟的官员。

总督和巡抚作为封疆大吏，牧一方百姓，握有生杀大权，但巡抚和总督在明初并未设立，到了永乐年间，由于形势需要便出现了了这两个官职。

太祖建国后，设五军都督府掌管天下军事（类似于现在的各大战区），设中书省管理行政工作，六部分工，洪武十三年以后，地方上设立三司（都指挥使司、布政使司、按察使司）分别管理地方的军事、行政和刑罚，这三司是独立的归皇帝直接指挥。

后来帝国国力衰落，局势动荡军事行动的不断增多，某一区域发生了军事行动比如农民起义或是群众聚众闹事等，都指挥使司、布政使司、按察使司这三个官员往往意见不统一，大家各自为政，于是就不能很好的协调处理地方事务，没法子了朝廷只好派出一个官员去协调处理，有点像是我们现在的调查组组长的意思，这个官员就是巡抚，巡抚一般都是有兵部侍郎来担任，官职高于三司一把手，巡抚节制当地所有官员，权利相当于钦差了。

巡抚任命以后就开始巡视地方，等紧急的事情处理以后一般就回京复命了，巡抚在当时就是个临时的钦差大臣，是个京官，任务就是到处救救急，到了后来地方上类似的事情太多了，巡抚到了以后短则几个月，长则一两年，后来朝廷索性就常设巡抚，以后为定例，以前三司是地方上最大的官了，现在三司上面又加了一个巡抚，随着国力的下降战乱越发频繁，即使朝廷外派了巡抚，很多问题依然没有得到解决。

因为巡抚只能管理一个地方的行政军事，比如浙江的巡抚就不能管理福建的事务，遇到了跨地域的军事行动，两省的巡抚意见又不统一了，来回扯皮，比如像倭寇侵略浙江福建沿海地区等这样的事，相互推卸责任，朝廷被逼的又没辙了，于是比巡抚更大的官员就出现了，就是总督，总督的等级又比巡抚高一级，这一下子地方上设立的三司，权利再次被架空。

有了总督以后，巡抚就是第二了，三司得地位就更低了，基本就没有什么权力了，顺着战乱不断，两广设总督后，慢慢的总督就成定制。那么有了总督以后，貌似问题就解决了，但是还是没有，起初像倭寇袭扰沿海这种局部战争，总督权限差不多就够用了，到了后期，各地农民起义不断爆发，辽东战争如火如荼，牵涉的都是五、六个省，那么这时往往就有好几个总督，谁也领导不了谁，朝廷于是又派出了更高级的官员去统一协调，这个就是明后期常见的督师了，一般有大学士任职，总督归督师管。