奉敕命令随后正式传达给第1师团。

戒严司令部决定29日完成镇压的准备工作，并开始讨伐叛军。

参加镇压政变的部队，有近卫师团和第一师团各7000人，另外还从仙台和宇都宫调来了第2、第14师团所属部队6000人，总数近24000人。

29日上午，荒木、真崎两位陆军大将，为避免叛乱部队遭到武装镇压，前往戒严司令部进行交涉，但遭到拒绝，戒严部队参谋石原莞尔，将两名大将赶出了司令部。

在荒木、真崎两位陆军大将离开后，香椎司令官再次提出应避免“皇军自相攻击”，但杉山元参谋次长坚决不同意，要求必须按天皇敕令以武力讨伐。

东京街头的坦克车装着高音喇叭，不停地广播着NHK著名播音员中村宣读的《告军官士兵书》。

这份由戒严司令部发布的声明称：“现在归复原队，仍为时不晚；抵抗者全部是逆贼，射杀勿论；你们的父母兄弟在为你们成为国贼而哭泣。”

与此同时，飞机在政变部队上空盘旋撒下了《告军官士兵书》的传单，劝诱政变部队回归营房。

叛军此时已在严冬中坚持了3天，疲惫不堪，士气消沉。

大部分士兵，在听到广播、拾到传单后，纷纷脱离了叛军，返回原部队。

策动叛乱的军官见大势已去，也未加以阻拦。

这些军官们，随后被戒严部队拘捕，被集中到陆军省大院关押。

关押这批叛军军官的是统制派的军官冈村宁次。

岗村宁次预想并期待着叛军军官们自尽，他已经让第一卫戍医院的护士兵，准备好了消毒药水和脱脂棉，还准备了30多口棺材。

但叛乱军官们拒绝自尽，他们想要通过公审来“揭露军阀的阴谋”。

陆军首脑们，吸取相泽案件公审的教训，对政变主谋实施军法审判，审判过程不公开，不设辩护律师，一审即终判。

由于二二六事件直接威胁到了裕仁天皇的统治权，因此对叛乱军官们的处置也异乎寻常的严厉。

此后，军法会议判处在政变中起领导作用的矶部、香田等17名军官死刑。

让人们没想到的是，在宣判书里，一点没有提到谋杀罪，判刑的唯一根据是，这些军官犯了未经天皇批准而擅自动用皇军之罪。

在幕后支持暴动的北一辉和西田税，以及之前砍杀永田的相泽三郎也被处死，其余的士官和士兵则被免予处分，因为他们只不过是遵从上级的命令。

这次对政变军人惩处的严厉程度，远远超过了此前历次的处理，明显的带有彻底根除皇道派及北一辉影响的意图。

军部上层，在寺内寿一主持下，统制派也趁机进行了大规模人事“整肃”。

荒木、真崎和川岛陆相被解除现役，所有倾向于皇道派思想的军官，均被从陆军核心部门清除出去。

至此，日本统制派彻底掌握了陆军实权，确立了对陆军的绝对控制。

讽刺的是，皇道派发动政变时所积极追求的目标，军部施行独裁，国家政权组成以广田弘毅为首相的新内阁，采取法西斯化，这些在政变失败后反而得以实现。

这不仅是因为同属法西斯派别的统制派，牢牢掌握了军部大权，而且内阁也被以新首相广田弘毅为首的文官法西斯集团所控制。

自诩为“皇国中流砥柱”的日本陆军，最终把日本拖入了灾难。

从上海回到日本的平冈龙一，在政变发生时，刚好不在东京，算是躲过了一劫。

在叛变被镇压后，审问叛军军官时，才发现，作为统制派的主要成员，平冈龙一也在叛军暗杀的黑名单上。

1936年3月5日下午，广田弘毅拜谒天皇，接受了组阁大命，主张对华强硬的寺内寿一大将，入阁任陆相。

此后，日本法西斯右翼力量在日本陆军中不断扩张，其侵略野心亦日益膨胀。