原来是曹操在大军到达城池之前，先命人混入城内，等大军到了之后，散播谣言，乱其军心的。城中张宝这段时间过得很不好，几个月之前，黄巾大军势如破竹，打得朝廷节节败退，可一转眼，形势直转而下，先是波才彭脱二人的颍川军被皇甫嵩灭了，紧接着，南阳的张曼成被秦颉斩杀，汝南晃邵又被击败，接着是东郡的卜已，然后得到消息，兄长居然病亡了，广宗城破，张梁战死，估计南阳黄巾也快要覆灭了。

张宝叹了口气，招呼众将准备突围，可这时候，幽州方向来了援兵了，右北平郡尉公孙瓒率三千骑兵来援，涿郡郡尉邹靖带五千步卒前来支援，还有刘备、张飞、关羽三人带数百乡勇前来。这一下多了近万人马，皇甫嵩大喜，命邹靖、公孙瓒、刘备等人镇守城东，另外拨郭典所部万余人一起防守城东，曹操、傅燮二人守城北，皇甫坚寿守城南，皇甫嵩自守城西，四面围住，不留一丝缝隙。

十一月二日，南阳宛城，朱儁探知消息，皇甫嵩连破卜已、张梁，现在已经包围下曲阳了，正好此时朝廷又派来援军了，袁绍、袁术二兄弟带来了一万羽林军。朱儁大喜，此时，宛城城内黄巾军只剩五万左右了，而且士气地下，孙仲数次请降，朱儁都不允许，而袁绍二人来了后，朱儁手中兵力已经到了三万多，正准备过几日便大肆攻城，一鼓作气，拿下宛城了。

却不想今日孙仲倾巢而出，带五万黄巾军出城，向着精山方向突围，看来是打定主意逃进山里，借着山路险峻，以阻挡自己的追兵了。朱儁当机立断，命众将追击，追到精山脚下的时候，大破黄巾军，孙仲被孙坚亲自斩杀，这一战，黄巾五万大军战死数万，其余人要么自杀身亡，要么投河而死。自此，南阳黄巾被彻底平定了。

而此时，张宝却几次带人突围，却都被挡了回去，城中已经一片大乱了，皇甫嵩当机立断，命众将其攻城池，一个时辰内，大军就攻破了城池，张宝正要逃跑，却被公孙瓒一槊捅死，城中十余万黄巾军战死三万，其余尽皆投降。至此为止，黄巾主力尽皆平定，只有青州等地还有零星的黄巾乱军在和地方官员作战。

十一月二十日，皇甫嵩朱儁大军班师回朝，皇帝大喜，大赦天下，封皇甫嵩为左车骑将军、冀州牧、槐里侯，朱儁为右车骑将军，钱塘候，加封为河内太守，皇甫坚寿为越骑校尉，加封荡寇将军，领所部三千人屯弘农，袁绍为射声校尉，袁术为长水校尉，曹操为济南相，孙坚为佐军司马留守洛阳，公孙瓒为奋威校尉，封右北平太守，傅燮为议郎，刘备为平原令。其余人等有功者皆有封赏。