1424年朱棣驾崩，由大儿子朱高炽继位，史称仁宗皇帝。朱高炽即位后，改年号洪熙，开始了一系列改革，这些改革都与朱棣在位时的政策手段背道而驰。首先，朱高炽赦免了建文帝旧臣和永乐时遭连坐流放边境的官员家属，并允许他们返回原处，并恢复一些大臣的官爵。其次，遵循明太祖朱元璋在位时“片板不得入海”的旨意，不仅禁止民间私自出海，同时也禁止官船出使东西洋。

本来有所放宽的海禁政策再次被明廷严行禁止，以海为生的沿海居民不得不选择“走私”的形式冒险出海。当时的月港地处九龙江下游的江海会合之处，其港道由龙溪县城八、九都地的月溪之滨起始，沿南港顺流往东，经过海门岛航至九龙江口的圭屿，然后再经嘉禾屿（今厦门）即可出外海。再加上月港僻处海隅，俗如化外，朝廷鞭策莫及，官府管制松懈，这样的地利之便成为了沿海居民进行“走私”的首选海港。

1425年，在位仅一年的朱高炽病故，传位给朱瞻，史称明宣宗，改年号宣德。明宣宗在位的十年间至明英宗幼年即位，朝中有杨溥、杨士奇、杨荣主持政局，史称“三杨”。当时可谓是“海内清平，万邦来朝”。1442年后，宦官王振开始擅权，1449年发生震惊天下的土木堡之变。明英宗的弟弟景泰帝果断任用于谦击败瓦剌，取得北京保卫战的胜利。后又经历景泰、天顺两朝的经营恢复，国力有所回升，到明朝中叶孝宗时期再次大治，此时政治清明，民生安康，对外复立哈密等卫，历史上称为“弘治中兴”。

期间，随着海外贸易的不断繁荣，月港已然成为了民间“私通”海外、“私贩”番货的贸易商港而被明朝政府所重视。到正德年间，明王朝再次出现了中衰迹象，直到嘉靖初期时，朱厚熜重新推行新政，政治及国力才一度有所恢复。但因嘉靖末年，君臣矛盾突出，社会各种矛盾萌发，沿海倭患频频发生……

嘉靖九年（1530年），巡抚都御使胡琏议移巡海道驻漳州府，在月港对岸的海沧（今厦门市海沧区）设立海防机构——安边馆，每年委任通判一员驻守，以镇压走私活动。

嘉靖二十六年，佛郎机番船泊于浯屿水寨，巡海道柯乔、知府卢璧、龙溪知县林松发兵攻船，不克。时漳州、泉州辄往月港贸易，官军通贩愈甚。总督闽浙都御史朱纨厉行海禁，捕获私自出海通贩商人九十余人，由巡海道柯乔、都司卢镗就地问斩。由此，佛郎机番船才不得以驶离福建沿海。

嘉靖二十七年（1548年），巡海道柯乔奏议设县治于月港。但由于月港海岸曲折蜿蜒，港汊交错一时未受倭患波及，致使设县计划搁置。

嘉靖二十八年，有倭寇驾船扬航直抵月港安边馆，壮士陈孔志授檄往援，乘巨舰首当其冲，横舰于海面阻击，最后被倭船火炮击中。倭寇也因此调转船头逃遁而去，月港倭患自此开始。

嘉靖三十年（1551年），柯乔先在月港搭盖巡海机构，取名“靖海馆”。靖海馆与安边馆隔江相望，同属一位通判管治，这位通判则需往来于九龙江上，行走两地进行治理。