这一直打到十一月也没能将陈仓打下来，韩遂心里越来越急躁，刚刚传来消息，朝廷命因为赵忠诬陷导致被免职的皇甫嵩率兵两万前来陈仓，令皇甫嵩都统董卓、皇甫坚寿、傅燮等凉州众将，以抗衡韩遂叛军。而这一年发生太多事，导致朝廷根本没有更多的兵力前来支援凉州。

这一年八月，故中山太守张纯造反，其同乡张举也起兵响应，他们和乌桓丘力居结盟，霍乱幽州，杀汉护乌桓校尉公綦稠、辽东太守阳众等人。拥众十余万，一时之间，幽州震动。皇帝发诏，征南匈奴部队随幽州牧刘虞一同进兵讨伐张纯。而南匈奴人却半路反叛，并且攻入并州，并州刺史连忙领兵抵挡匈奴乱兵。幸好新任的右北平太守公孙瓒勇猛过人，他率部连胜张纯三阵，打得张纯逃到草原上不敢回来。

而南边也不消停，长沙人区星在长沙举兵造反，意图割据江南，荆南多有豪强拥护他，朝廷命孙坚为长沙太守，引兵五千前去平叛。孙坚到了长沙后善待百姓，作战身先士卒，很快就平定了区星之乱，朝廷大喜，总算听到好消息了，于是封孙坚为破虏将军、乌程候。

而凉州这边，皇甫嵩到了陈仓之后并没有发起进攻，而是命众将坚守城池，只管挡住韩遂军前进的路线，凉州历来缺少粮草，可这次他们没办法，只能拼命打破陈仓，只有这样才能进入繁华的三辅，只有这样，这十多万部下才不会挨饿。皇甫嵩看出了这一点，于是按兵不动，坐等叛军内乱。

时间不知不觉到了中平五年（188年）五月，因为久战无果，韩遂军士气低落，于是便撤军返回金城，这边部队一撤，那边皇甫嵩立马拍傅燮乘胜追击，大破韩遂军，缴获了大量物资，并斩首万余，韩遂狼狈逃回了金城，并且废了王国的统领位置。而这时候，皇甫坚寿也趁阎行松懈的时候夜袭阎行大营，阎行损兵折将，被迫退往金城，自此，汉阳郡全盘收复了。

而此时，朝廷的封赏也来了，皇甫嵩功劳甚大，封为左将军，加食邑六百户。董卓颇有功劳，为前将军，傅燮守陈仓有功，封荡寇将军，皇甫坚寿守冀城有功，封爵关内侯，迁为河东太守。并且命董卓率部驻防冀城，傅燮守陈仓，周慎守安定，皇甫嵩屯兵冀城以抵挡韩遂大军。

而此时，韩遂军内部也是纷争不断，于是凉州叛军渐渐地衰落下来。恰好此时南匈奴又叛，引兵勾结鲜卑人进兵北地，皇甫嵩受命领三万人驻守北地，而命董卓为凉州刺史。至此，凉州的动乱才宣告歇下来。